Ku Leuven

How to analyze a microbiome

✅ Abierto

Duración:

7 semanas

Modalidad:

Online

Precio

Gratis (Certificación 56€)

Idioma:

Inglés

Plazas

Ilimitadas

Créditos

Consultar convalidación con tu Universidad
Los microorganismos juegan un papel importante en la biosfera y dentro de nuestros cuerpos, pero hasta ahora solo se ha cultivado una pequeña fracción. Los datos del microbioma, es decir, la información genética de los microorganismos, son, por lo tanto, una ventana importante al mundo microbiano oculto. El análisis de datos de microbiomas aclara la composición de las comunidades microbianas y cómo cambia en respuesta al medio ambiente. Al analizar los datos de secuenciación, aprendemos si la diversidad microbiana difiere según las condiciones e identificamos los vínculos entre los microbios. En resumen, el análisis de datos de microbiomas nos da una primera idea de cómo funciona un ecosistema microbiano. Este curso ilustrará con la ayuda de datos de ejemplo del mundo real cómo llevar a cabo tareas de análisis típicas, como comparar la composición y diversidad microbiana, agrupar muestras y computar asociaciones. Si planea trabajar con datos de microbioma, este curso lo pondrá al día. Los instructores son bioinformáticos experimentados que son conocidos internacionalmente por su análisis de conjuntos de datos de microbiomas a gran escala.

Module 0: Introduction
Study guide, R basics and a help forum for programming questions

Module 1: Introduction to microbiome data
Sequencing techniques, data types (16S, WGS, metadata), example applications

Module 2: From sequences to counts
Quality control of reads, taxonomic and functional assignment

Module 3: Comparing microbiomes
Relative versus absolute abundance, taxonomic and functional richness, evenness and diversity

Module 4: Ordination
Dimension reduction: arranging samples according to their taxonomic and functional composition in two-dimensional space

Module 5: Taxon/function associations
Network construction: computing and interpreting associations between taxa and functions

Module 6: Your favourite microbiome
Databases and journals for microbiome data and guidelines for doing your own analysis

Module 7: Final exam
Complete the course by passing the quiz or by completing a microbiome analysis

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